Sceneggiatrice di numerose puntate di serie TV popolari tra cui Un medico in famiglia (Publispei, Rai Fiction, 1998), I Cesaroni (Publispei, 2006) e Benvenuti a tavola (Taodue, Wildside, 2012), Isabella Aguilar è stata Head Writer di Grand Hotel (Cattleya, Rai Fiction, Beta Film, 2011), Tutto può succedere (Rai Fiction, Cattleya, 2015) e Creative Showrunner della serie Baby (Fabula Pictures, 2018).
Il suo primo film, Dieci Inverni di Valerio Mieli (Centro Sperimentale di Cinematografia Production, Rai Cinema, United Film Company, 2009), ha partecipato al Festival di Venezia e vinto il David di Donatello, il Nastro d’Argento oltre a numerosi altri premi nazionali e internazionali. Seguono In fondo al Bosco (One More Pictures, Sky Italia, 2015), The Place (Medusa Film, Lotus Production, 2017) di Paolo Genovese, con cui è stata candidata al David di Donatello per la Miglior sceneggiatura non originale e il musical Un’avventura (Los Hermanos, Lucky Red, Rai Cinema, 2019). Fra gli altri titoli ricordiamo: I Figli del Freddo (Mood Film, Weydemann Bros. GmbH, Samson Films; Rai Cinema, 2017), Pezzi Unici (Rai Fiction, Indiana Production, Cassiopea Film Production, 2019), Luna Park (Fandango, 2021), Il Primo Giorno della mia Vita (Medusa Film, Lotus Production, 2021).